La Cripta costituisce il primo nucleo nella costruzione del duomo. Già nel Marzo 1081, alla presenza di Roberto il Guiscardo e dell’Arcivescovo Alfano I, venivano deposte le reliquie di san Matteo, dei santi martiri e di altri santi come si evince dalle diverse lapidi ivi collocate, le quali dimostrano che a quella data la struttura era già completa. La cripta, come la si vede oggi,corrisponde ai lavori eseguiti agli inizi del Seicento ad opera degli architetti Domenico Fontana e del figlio Giulio Cesare, i quali hanno sfruttato la centralità del sepolcro di san Matteo, il luogo più sacro di tutta la chiesa ed intorno al quale ruotano tutti gli altri spazi. L’altare in marmi policromi è arricchito da entrambi i lati da un elegante baldacchino. Ad ornamento dell’altare il Collegio Medico Salernitano donò nel 1666 e nel 1673 due coppie di pregevoli candelabri in ottone, fatti realizzare da Francesco Rosso. Negli scorsi anni ’60 la struttura dell’altare fu totalmente trasformata. Sul lato settentrionale fu eretto un nuovo altare. Qui attraverso una piccola apertura è possibile vedere il sepolcro di S.Matteo. Al centro del doppio baldacchino dell’altare sono collocate due statue gemelle di S. Matteo realizzate da Michelangelo Naccherino nel 1606. Il Santo è raffigurato mentre scrive il Vangelo con un libro poggiato sul ginocchio sinistro e una penna sulla mano destra. Al suo fianco un angelo gli porge un calamaio.

Il luogo più sacro per la città di Salerno è, senza dubbio, il Sepolcro che custodisce le preziose Reliquie del suo augusto patrono S. Matteo. La posizione stessa del Sepolcro, collocato al centro della Cripta, sta ad indicare che esso ne forma la parte più vitale da cui irradia luce e fervore. Nel 1081, terminata la nuova e spaziosa cripta, Alfano I deponeva le reliquie dell’apostolo e quelle dei santi e martiri che dovevano fargli corona. Oggi, come la si vede, la Cripta corrisponde ai lavori eseguiti agli inizi del ‘600 su progetto degli architetti Domenico e del figlio Giulio Cesare Fontana, i quali hanno reso scenografico e funzionale lo spazio organizzandolo intorno alla doppia statua bifronte del santo, eretta sopra il sepolcro, con un doppio altare. Questa doppia statua è stata realizzata da Michelangelo Naccherino nel 1606.

L’abside destra è detta dei Santi Confessori di cui vi è una rappresentazione al di sopra dell’altare di marmo attribuita a Luigi Roderico. Sulle pareti in alto due affreschi illustrano l’Assedio di Salerno da parte di Barbarossa e la Tempesta scatenata da San Matteo, avvenuta grazie ad un miracolo del santo che fece affondare gran parte della flotta nemica e salvare la città. Nella volta gli affreschi raffigurano S. Grammazio, il Miracolo della liberazione di un indemoniato, la guarigione di un malato e le allegorie: La Sapienza, La Fortezza e La Giustizia.

Nell’abside centrale sono custodite le spoglie dei santi martiri Caio, Ante e Fortunato e di San Felice. L’altare in marmo policromo fu donato dalla Scuola Medica Salernitana nel 1753. I busti di bronzo dei santi martiri sono stati realizzati da Giovan Domenico Vinaccia, e datati 1680. La volta è ricoperta di stucchi ed affreschi di Belisario Corinzio che raffigurano scene della vita dei Santi Martiri.

L’abside sinistra è dedicata alle Sante Vergini. Qui erano infatti conservate le reliquie di Marina e Costanza. L’altare in marmi policromi risale al sec. XVIII, con una cornice marmorea che inquadra la tela dipinta da Pacecco De Rosa raffigurante la Madonna delle Grazie e le SS. Trofimena Costanza e Agata. Nella lunetta laterale si trova un affresco esagonale che rappresenta S.Agata guarita in carcere da S.Pietro. La cappella delle reliquie fu fatta realizzare nel 1957 dall’Arcivescovo Moscato. In essa sono state trasferite, in appositi ovali le reliquie dei Santi ritrovate nella Cripta.